2．证候
《讲义》不习惯给基本术语直接下定义，对证候也是如此。只在具体讨论诊断、病因和病机时有所论及。书中认为：“正确的诊断，要求运用望闻问切四诊，细致地诊察证候”，“任何疾病的发生，总会出现一系列的证候，这是医者借以认识和处理疾病的主要依据”，由此推知，作为诊察对象和医生认识处理疾病的证候，应是患者主诉和医生诊察的症状表现。所谓“表现于临床的证候”再度强化了这种认识。说明《讲义》的证候是指四诊所见的临床表现。此外，文中还有“证状”之称，如“六淫为病及其所呈现的证状”、“风在表的常见证状”等，当为症状别称，与本书证候含义相同。
由于四版教材、李本、孙本和郭本等将证与证候等同，且赋予两种不同属性，故患者的临床表现既可用证候来表示，又可用症状体征来介绍。这些教材提供的语境中，证候时而是病理概括，时而为症状体征的代名词。
印本认为：“任何证候都是在某种原因的影响和作用下，患病机体所产生的一种病态反映”，即以“病态反映”定义证候。不言而喻，病态反映指代的是症状体征。与印本略有不同，吴本不提证候，认为症“仅仅是疾病的外在表现，对疾病的反映不如证深刻和准确，因而证比症更能反映疾病的实质”。此即说明，吴本以“症”表征临床所见。如此，可在本书范围内保持基本术语简明而清晰，以免混淆。
3．病机
有关病机，《讲义》定义为：病机是疾病发生及变化的机理。第三章则专论病理，认为“病理，是疾病变化的机理”。从逻辑学角度，病机与病理的种概念均为“机理”，属差“疾病发生及变化的”和“疾病变化的”两者并无本质区别。再则，由于针对病机（病理）而言，机理同样有待解释，因而病机（病理）用机理来定义实际犯了循环定义的逻辑错误。未能给出病机的确切含义。但由病理专篇阐述的表里出入、上下升降、寒热进退、邪正虚实、阴阳盛衰五个方面，列述脏腑病理、六气病理、经络和气血病理等，可以确认病机包括疾病的八纲属性（病位与病性）、所在脏腑（病位）、气血病变（病性）和六淫（病因）等。但《讲义》第二章又设专篇讨论病因。这样，此时的病机与病因便成为既并列、又包含的矛盾概念。
后续各部教材对病机的认识与《讲义》基本没有岐义，大体统一在“病机，就是疾病发生、发展与变化的机理”，具体包括“邪正盛衰、阴阳失调、气血失常、经络和脏腑功能紊乱等”。各教材矛盾之处，体现在病机与证的关系上。
《讲义》论云：“不同类属的疾病，只要它在病变过程中具有共同的病理机制，即可运用同一治疗法则进行处理。与此相反，虽同一疾病，但因病变过程中各个阶段的病理机制不同，其治疗原则也就不同”。这是关于异病同治和同病异治的理论阐述。其中即以病机（病理机制）代替证。但并未解释病机与证的异同。印本所论：“相同的病机，可用基本相同的治法，不同的病机，就必须用不同的治法。所谓‘证同治亦同，证异治亦异’，实质上是由于‘证’的概念中包涵着病机在内的缘故”，挑明了病机被证包含的相互关系，即病机的外延全部被证的外延所包含。吴本认为：“在疾病发展的不同阶段，病理变化不同，即证不相同，根据辨证论治的原则，治法也就不同，这种情况称为‘同病异治’。与此相反，有时在不同的疾病中，却会出现相同的或相近似的病理变化，即出现相同或相似的证。根据辨证论治的原则，证相同治疗也就相同，因而出现不同疾病采用相同治法的情况，这称为‘异病同治’”，明确病机（病理变化）就是证。孙本则称：“同病异治，指同一种病，由于发病的时间、地域不同，或所处的疾病的阶段或类型不同，或病人的体质有异故反映出的证候不同，因而治疗也就有异”，异治是因证候不同。而“异病同治，指几种不同的疾病，在其发展变化过程中出现了大致相同的病机，大致相同的证，故可用大致相同的治法和方药来治疗”，同治是因病机和证大致相同。孙本另处指出：“病机的含义中包括了病变的部位、原因、性质和邪正盛衰变化”，而证同样包含了这些内容。如此，病机与证（证候）也属重合术语，即病机和证（证候）的外延完全相同。四版教材与这些观点不同，认为异病同治是指“几种不同的疾病，在其发展过程中，由于出现了具有同一性质的证，因而可采用同一方法治疗”； 同病异治是“指同一种疾病，由于发病的时间、地区以及患者机体的反应性不同，或处于不同的发展阶段，所以表现的证候不同，因而治法也不一样”。即疾病治有异同的关键在于证（或证候）的异同，唯独未提病机。
4．病因
各本统编教材对病因的定义似无岐义，但病因与证、证候和病机的关系均未阐释清楚。诸如六淫、七情、饮食劳逸、外伤、痰饮和瘀血等均被视为病因，从逻辑学角度，这些内容均为病因的外延，但各自的属性完全不同。针对六淫而言，其外延风、寒、暑、湿、燥、火（热）并无专属性，同时又是证、病机的基本内容，痰饮与瘀血也是如此。
四版教材注意到这一点，在阐述“辨证求因”和“审因论治”时指出：中医“主要是以病证的临床表现为依据，也就是通过分析疾病的症状、体征来推求病因，从而提供治疗用药的根据”，其他版本大多赞同此说。而这恰恰又是辨证、审察病机关注的基本内容。况且，《素问．至真要大论》所述病机十九条中提到的风、火、热、湿、寒，一并作为病机的基本内容，并未明确是病因还是病性；也未阐明是六淫还是内生五邪。因此，古今病因都包含在病机之中。
综合考察各版本《中基》，即可发现证、证候、病机和病因之间彼此套叠，互相包含，混淆十分严重。当利用这些术语进行理论阐述和科学研究时，偷换概念现象便普遍发生。当把这些术语纳入国家973和863计划项目时，问题的严重性更加凸显出来。因此，重新界定中医学基本术语的含义，明确各自的外延，厘清术语间关系，已成为开展中医药各项研究的必要前提。
需要指出，这里只在统编教材范围内探讨了证、证候、病机和病因之间的混乱现象。要想解决现实存在的这些问题，还应潜心到中医经典著作中，深入到中医学历史演变的历史进程中，全面、系统地梳理、归纳和分析，才能得出完整、真实的判断；同时还应把握形式逻辑有关定义概念内涵的基本要求，将中医理论与形式逻辑知识有机结合起来，方可正确界定中医学基本术语的含义和相互关系，实现中医理论体系的自我完善和更新。